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中国农业大学生物学院PLANT CELL | 杨淑华/施怡婷团队揭示驯化中受选择的bZIP68转录因子调控玉米耐冷性的分子机制（图）
杨淑华 施怡婷 bZIP68转录因子调控 玉米耐冷性 分子机制
2022/3/20
2022年5月12日，植物生理学与生物化学国家重点实验室杨淑华/施怡婷团队在The Plant Cell 杂志上在线发表了题为 Natural variation in the bZIP68 promoter modulates cold tolerance and was targeted during maize domestication（https://doi.org/10.1093/pl...
细胞常常处于各种应激环境，这些压力会威胁细胞生存、破坏细胞结构、影响细胞功能。在进化的长河中，细胞对外界环境的适应性逐渐增强，以应对一定程度的波动，维持内环境稳态。在众多环境压力中，热刺激对于细胞来说是威胁生存的较大挑战，每种细胞只能在适宜的温度范围内生存，当温度高于最适温度，细胞会启动热休克反应，激活热休克转录因子（HSF1），促进热休克蛋白（HSPs）的快速表达。然而，HSF1的复杂调控过程尚...
中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）开发基于深度学习的单细胞转录组分析模型（图）
深度学习 单细胞 转录组 分析模型
2020/11/11
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）蔡军研究组、北京师范大学张江研究组合作在Nature Machine Intelligence发表了题为An interpretable deep-learning architecture of capsule networks for identifying cell-type gene expression programs from si...
北京大学生物医学前沿创新中心高歌课题组在Nature Communications发表单细胞转录组数据检索新方法和参考数据库（图）
高歌 单细胞 转录组 数据检索新方法 参考数据库
2020/7/21
作为细胞异质性研究的重要工具，单细胞转录组测序技术近年来蓬勃发展，并积累了大量研究数据。若能有效利用现有的单细胞数据进行检索与推断，研究者便能更好地进行新测序单细胞的注释，以及综合多数据集的研究。然而，精确的单细胞转录组数据检索和注释需要克服两个挑战：一、数据集之间的批次效应（batch effect）会显著影响细胞检索的可靠性；二、目前缺少跨物种和平台、具有高质量注释的单细胞转录组数据库。日前，...
浙江大学“转录调控数据分析及R语言作图”研习班
浙江大学 转录调控数据分析及R语言作图 研习班
2017/12/20
近年来，随着高通量测序技术的迅猛发展，转录组研究从以前的微阵列技术，SAGE及MPSS技术的低通量模式切换至RNA-seq的高通量模式。以RNA-Seq测序技术为基础的转录组测序作为高通量测序时代核心技术之一，已在生物科学及医学领域前沿研究中获得广泛应用。RNA-Seq可进行全基因组水平的基因表达差异研究，具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠等特点，真核生物的基因表达调控，癌症等...
中国科学院西北高原生物研究所发现调控杨树抗病性关键转录因子
中国科学院西北高原生物研究所 杨树
2015/1/23
从中国科学院西北高原生物研究所获悉，该所青藏高原植物适应与进化学科组罗克明研究员通过全基因组分析和数字表达谱筛选，得到可显著提高杨树对溃疡病抗性的PtrWRKY89转录因子。该成果日前在线发表于《实验植物学杂志》。
汕头大学医学院七年制本硕临床医学生化与分子生物学课件第十一章 RNA生物合成（转录）
汕头大学医学院 七年制 本硕 临床医学生化与分子生物学 课件 第十一章 RNA生物合成（转录）
2014/6/30
汕头大学医学院七年制本硕临床医学生化与分子生物学课件第十一章 RNA生物合成（转录）。
天津工业生物技术研究所蓝细菌转录组研究获进展（图）
工业生物技术 蓝细菌 转录组 原绿球藻
2014/2/28
原绿球藻（Prochlorococcus）是分布在全球热带和亚热带海域的蓝细菌，也是目前发现的海洋中含量最丰富的光合生物。虽然只具有极小的细胞体积（直径约0.6 um）和基因组（可以小到～1.6Mbp），但原绿球藻细胞数量的庞大以及高效的光合作用，使得其对于全球生物圈初级产物的生产和碳循环具有极其重要的地位。另一方面，目前已有十多种原绿球藻生态亚种的基因组被发布，亚种之间基因组丢失的现象很早就被人...
鸳鸯鸭恒定链两异构体组织转录模式研究
实时相对定量PCR 特异性转录
2014/12/29
为探索鸳鸯鸭恒定链（MDIi）两种异构体MDIi-1和MDIi-2在不同组织或器官中的转录模式，建立了检测MDIi-1和MDIi-2组织转录的实时相对定量PCR方法，检测并分析了MDIi-1和MDIi-2在不同组织或器官中的转录特点。结果显示MDIi-1在法氏囊底部的转录水平为各组织或器官中最低(设为校正器)；和校正器比较，MDIi-1在脾和小肠黏膜呈最高水平转录，而法氏囊颈部、肝、肾、胸腺和血液...
中国科学院生物物理研究所揭示N端乙酰化修饰促进Sir3的转录沉默功能（图）
N端乙酰化 Sir3 转录沉默
2013/8/13
2013年8月11日，Nature structural & Molecular Biology 在线发表了中科院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室许瑞明课题组的最新研究成果。该文章题为Nα-acetylated Sir3 stabilizes the conformation of a nucleosome-binding loop in the BAH domain，揭示了N端乙酰化修饰促...
2012年4月6日，《美国科学院院刊》（PNAS）在线发表了生物物理研究所朱平研究组和孙飞研究组合作的题为 “Cryo-EM structure of a transcribing cypovirus”的研究论文(www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1200206109)。该研究用冷冻电镜三维重构方法首次解析了处于转录过程中的双链RNA病毒的近原子分辨率（4.1 &...
基于转录终点序列特征预测大肠杆菌sRNA
细菌sRNA 终点信号 预测
2011/7/29
细菌sRNA是一类长度在40～500 nt的调控RNA，在细菌与环境相互作用中发挥重要功能，因此，细菌sRNA识别研究具有重要意义。然而，与蛋白编码基因具有易于识别的特征不同，目前细菌sRNA识别仍是一件比较困难的事。此方法介绍了一个基于已知细菌sRNA转录终点的碱基频率矩阵来识别sRNA的预测策略，并在大肠杆菌K-12 MG1655中进行了sRNA的预测。结果表明，该模型在独立测试集中具有较高的...
活细胞依赖其众多的转录调控模块来实现复杂的生物功能，识别转录调控模块对深入理解细胞的功能及其转录机制有着重要的意义。本文结合酵母基因表达数据和ChIP-chip数据，提出了一种转录调控模块识别算法。该算法通过采用不同的P值阈值分别得到了核心集和粗糙集，然后对核心集和粗糙集进行判别，最后对基因进行扩展之后得到基因转录调控模块。将该算法运用到两个酵母基因表达数据中，得到了一些具有显著生物学意义的基因转...