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华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室在改进细菌16S rRNA基因高通量测序方法研究上有新进展（图）
华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室 细菌 16S rRNA 基因高通量测序 微生物组
2020/6/5
近日，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室谢卡斌课题组在Microbiome发表了题为“Engineering CRISPR/Cas9 to mitigate abundant host contamination for 16S rRNA gene-based amplicon sequencing”的研究论文，论文报道了一种改进的细菌16S rRNA基因高通量测序方法。
【目的】探明灰飞虱Laodelphax striatellus体内细菌的群落结构和种类多样性。【方法】采用Illumina MiSeq测序平台对新羽化24 h的灰飞虱雌雄成虫体内细菌16S rRNA的V3-V4 变异区序列进行高通量测序，应用USEARCH 和Silva等软件和数据库来统计样品序列数目和操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU) 数量，分析灰飞虱...
基于16S rDNA序列的小贯小绿叶蝉共生细菌多样性研究
小贯小绿叶蝉 细菌 16S rDNA 多样性
2018/6/26
利用Illumina HiSeq技术, 对赤壁、大悟、武汉、咸安和英山5个茶园小贯小绿叶蝉地理种群的成虫共生细菌16S rDNA-V4变异区进行测序, 应用Uparse和RDP Classifier等软件统计和分析样本的物种组成、丰度和多样性。5个地区小贯小绿叶蝉成虫的16S rDNA基因序列文库共获得239 645条有效tags, 在97%相似阈值下将其聚类为3 403个OTUs。共注释到41个...
黄蒿丛枝病植原体的鉴定及其16S rDNA序列分析
黄蒿丛枝病 葡萄黄化植原体 分子鉴定 16S rDNA序列分析
2018/12/29
黄蒿为菊科蒿属一、二年生草本植物, 在医学和植物病害生物防治方面具有重要价值。植原体是一类重要的病原物, 常引起丛枝、小叶、黄化、簇生等症状。从山东泰山山涧采集到表现丛枝症状的感病黄蒿植株, 以叶片总DNA为模板, 利用植原体通用引物对R16F2n/R2进行PCR扩增, 获得了大小为1 244 bp的片段, 与葡萄黄化(Stolbur)植原体(AF248959)和纸花黄化植原体(JX128698)...
Molecular Evolution of a Portion of the Mitochondrial 16S Ribosomal Gene Region in Scleractinian Corals
Gene Region Scleractinian Corals
2015/12/17
Relationships among families and suborders
of scleractinian corals are poorly understood because of
difficulties 1) in making inferences about the evolution
of the morphological characters used in ...
Characterization of the Fecal Microbial Communities of Duroc Pigs Using 16S rRNA Gene Pyrosequencing
Duroc Pigs Fecal Microbiota 16S rRNA Gene Pyrosequencing
2016/5/18
This study characterized the fecal bacterial community structure and inter-individual variation in 30-week-old Duroc pigs, which are known for their excellent meat quality. Pyrosequencing of the V1–V3...
Rapid Origin Determination of the Northern Mauxia Shrimp (Acetes chinensis) Based on Allele Specific Polymerase Chain Reaction of Partial Mitochondrial 16S rRNA Gene
Allele-specific Polymerase Chain Reaction Origin Identification
2016/5/18
Acetes chinensis is an economically important shrimp that belongs to the Sergestidae family; following fermentation, A. chinensis′ economic value, however, is low in China, and much of the catch in Ch...
利用16S rDNA基因及线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome oxidase subunit I gene，COⅠ）基因建立3种形态学特征相近的血蜱属蜱类-长角血蜱、褐黄血蜱及铃头血蜱的分子生物学鉴定方法，探讨它们的系统发生关系。 方法 在上海市动物体表采集寄生蜱，在解剖显微镜下进行形态学鉴定后，提取蜱样本基因组DNA，采用PCR方法从蜱基因组中扩增16S rDNA及COⅠ基因...
近期，中科院武汉病毒研究所周宁一研究员课题组在基因组内16S rRNA基因的差异性而导致的原核生物多样性高估研究方面取得重要进展。相关结果发表在10月的微生物学刊物Applied and Environmental Microbiology上，并被本期杂志选为亮点文章（Spotlight: Articles of Significant Interest Selected from This Is...
对5种双壳类软体动物(近江蛏Sinonovacula rivularis、缢蛏Sinonovacula constricta、小刀蛏Cultellus attenuatus、尖刀蛏Cultellus scalprum和大竹蛏Solen grandis)的线粒体基因COⅠ和16S rRNA部分序列进行测序和分析,并结合GenBank中其他竹蛏超科和樱蛤超科物种COⅠ和16S rRNA片段,计算种间遗...
Wolbachia是一类胞质遗传的内共生菌, 广泛分布于节肢动物和其他动物中, 与宿主的生殖调控密切相关。通过研究迁飞性害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis (Guenée)的Wolbachia感染情况, 为探讨Wolbachia在迁飞性昆虫中的生殖调控和传递方式等提供基础资料。本研究应用Wolbachia的ftsZ基因和16S rDNA基因的特异性引物, 通过PCR扩增...
鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生
鲟形目 线粒体DNA 16S rRNA 系统树
2012/11/21
采用通用引物对3种鲟形目（Acipenseriformes）鱼类，中华鲟（Acipenser sinensis）、俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedtii）和匙吻鲟（Polyodon spathula）的16S rRNA基因部分片段进行扩增，并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较，探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系....
昆虫消化道内是一个复杂的微生态系统， 有大量的微生物存在。这些微生物对寄主发育、 营养吸收和防御方面都起着重要的作用。本文利用基于16S rRNA基因的PCR-RFLP指纹图谱法和变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE）的方法对柑桔黄龙病虫-媒柑桔木虱Diaphorina citri体内细菌菌群多样性进行了研究。经PCR-RFL...
16S rDNA同源性所揭示的双歧杆菌与有关细菌的亲缘关系
双歧杆菌 16S rDNA同源性 系统发育
2009/9/10
本研究测定了低GC含量的双歧杆菌(Bifidobacterium inopinatum)和新种B.thermacidophilum的16SrDNA全序列，在同另外19个双歧杆菌及 8个相关细菌的16SrDNA同源性分析的基础上构建了系统发育树。结果表明：除低GC含量的B.inopinatum外，所有双歧杆菌的种在16S rDNA序列相似性≥92%的水平上聚类为一个簇群。尽管B.inopinatu...
应用16S rRNA基因V2高变区序列进行链霉菌分子分类
系统进化分析 链霉菌 16S rRNA基因
2009/9/10
用16S rRNA部分序列对Williams数值分类系统所包含的链霉菌属种或种群进行系统进化分析 。以包含16S rRNA 基因V2高变区在内的120 bp长核苷酸序列所作的系统进化树表明：这 些链霉菌可分为34个簇，其中大簇5个（包括27～85株菌株）；中等大小簇3个（包括9～12 株菌）；小簇8个（包括2～6株菌）；单成员簇19个。结果同时表明，Williams数值分类系 统中根据形态、生理...